KST blev udviklet af den ameriakanske læge Willian Southerland i starten af 1900-tallet. I starten var det en del af lægeuddannelsen på de osteopatiske skoler. Osteopati er en blød form for minipulation af knogler i ryg og nakke.
En af de lægestuderende, John E. Upledger uddannede sig ligeledes i kraniel osteopati.
Upledger erfarede, at han kunne hjælpe mange mennesker med disse teknikker. Derfor besluttede han sig for at disse teknikker ikke kun skulle være forbeholdt læger og han begyndte nu at undervise interesserede i teknikkerne. Upledger omdøbte teknikkerne og kaldte nu sit arbejde Cranio-Sacral Therapy.
Stanley Rosenberg, fra Stanley Rosenberg institutet, er den første, der underviser i Kranio-Sakral Terapi i Danmark. Terapien kom til Danmark i 1986.
Der er senere hen kommet flere undervisningssteder til i hele landet. Alle med hver deres forcer og tilgange.